swms2d是一种模拟二维可变饱和介质中的水和溶质运动的计算机程序。该程序在数值上解决了理查兹的饱和-不饱和水流量方程和溶质运移的对流弥散方程。

ICE和ACE是由美国环境保护署与其他联邦机构、工业和大学合作开发的，目的是解决物种敏感性方面的数据差距，减少对生态风险评估中不确定性因素的依赖。

高分辨率陆地数据同化系统（HRLDAS）是在天气研究和预测（WRF）模型中存在的陆面模型的离线驱动。HRLDAS使用了观察和分析的测量方法（降水、太阳和长波辐射，以及表面风、湿度、温度）的组合来驱动陆地表面模型来模拟地表状态的演化（例如，土壤湿度和温度，雪等）。该系统已经开发出来，可以在WRF域或多个站点位置上运行。

3DADE是一个FORTRAN计算机程序，用于评估三维对流弥散方程的一系列解析解。该解析解在具有均匀流动和运输特性的多孔介质中，具有稳定的单向水流。输运方程包括由对流和弥散的溶质运动，以及溶质的延迟、一级衰减和零级生产。3DADE代码可以用来直接解决一些问题，即集中计算作为指定模型参数的时间和空间的函数，以及间接（逆）问题，其中程序通过拟合指定的解析解中的一个来估计所选择的参数。

MODFLOW是三维有限差分地下水模型，它使用模块化结构，使得它可以很容易的修改，以适应特定的应用程序代码。MODFLOW-2000模拟不规则水流系统中的稳定的与非稳定的水流，蓄水层可以密闭或者不密闭，或者是两者的组合，在外部压力下流动，比如流向井中，面补给，蒸发量，流向排水渠，通过河床流动，这些都可以模拟。除了模拟地下水流，还扩展了一些相关功能，例如泥沙运输等。

DNDC是农业生态系统中碳和氮生物地球化学的计算机模拟模型。该模型可用于预测作物生长、土壤温度和水分状况、土壤碳动力学、氮浸出以及微量气体的排放，包括一氧化二氮（N2O）、一氧化氮（NO）、二氮（N2）、氨（NH3）、甲烷（CH4）和二氧化碳（CO2）。

BASINS，更佳的综合性点源与非点源污染评价科学系统。是集成GIS、分析工具与模型的系统，用于流域分析、评价与管理。具有GIS处理信息、图形用户界面等。

LSPC是一个流域建模系统，包括流线型的水文模拟程序Fortran（HSPF）算法，用于模拟陆地上的水文、沉积物和一般水质，以及简化的河流运输模型。LSPC是由美国环境保护署第三区开发的采矿数据分析系统（MDAS）派生而来，广泛应用于采矿应用和TMDLs。该系统的一个关键数据管理特性是，它使用Microsoft Access数据库来管理模型数据和天气文本文件，以驱动模拟。该系统还包含一个模块，用于协助TMDL计算和源分配。对于每一个模型运行，它会自动生成一个子流域的综合文本文件输出，用于所有的层、到达和模拟模块，这些模块可以在每小时或每天的时间间隔内表示。LSPC的输出与其他的模型应用程序有关联，如EFDC、WASP和-qual-w2。LSPC在建模规模或模型操作方面没有固有的限制。Microsoft Visual C++编程体系结构允许与现代的、广泛使用的软件如Microsoft Access和Excel无缝集成。

CASC2D是水文模型中的一个新兴模型，它是一个基于物理水文模型的正方形网格，可以在任何分辨率下用于空间变化的输入。该模型的优点是，它可以考虑流域特征的细节，并且可以很容易地将降雨量从任意数量的雨量计或或气象雷达中吸收。这个公式也很适合使用GIS的数据。